屯田清吏司，掌陵寝修缮及核销费用，支领物料及部分税收。改称屯田司，不但负责官府的屯田管理，最重要的工作，则是对全国农业生产技术进行研究。对全国土地资源进行普查，什么样的气候，土壤，适合什么样的农作物。不能让以前的地方官凭借自己的经验推广了，以前的地方官往往觉得自己家乡的物产更好，于是在任职的地方进行推广，确实推广了一些农业种植技术，可是大多数恐怕都失败了，这种成本是很高的。现在由屯田司进行更科学的研究，给予地方政府指导和参考，效率会更高。
屯田司还掌管农业种植技术，将各地的农业技术进行对比，推广更有效率的技术。甚至对西方的技术进行适应性试验，比如休耕是不是中国。另外屯田司因为要普查田亩，就将矿产普查的职责也交给了他，方便利用紧缺的勘测技术人才。
由于周琅提拔了一大批跟着法国科学家学习过的学生，甚至聘请法国人做技术顾问，引起传统文官们的反对，暗中声称皇帝崇尚夷学，不重夏学等等。
但此时还只能抱怨，因为工部动大家的利益并不大。王辅茞刚刚建立的工部几乎就是一个悬空的机构，什么事情都没有。没有职务也就没有权力。
工部基本架构搭起来之后，周琅的下一个目标是礼部。
之所以是礼部，是因为周琅感觉这个部门最需要改革。
传统礼部管理的职责分几大块，负责祭祀等宗教活动的礼仪，负责迎接外宾，负责科举考试。这个部门其实最像是用儒家思想打造的部门，因为儒家两个核心，一个是礼仪，一个就是教育。
礼仪方面，周琅可以默许保持传统，他可以配合做做样子。但一些他实在无法忍受的，他还是要废除，比如通过礼部推广新的礼仪标准，不敢说废除跪礼，但严格限制跪礼适用的范围；官员受封赏，可以跪谢皇帝，其余时候见皇帝鞠躬拜见即可；婚丧嫁娶，祭祀可以跪，下级见上级，百姓见官就不用跪；离别父母，辞行可以跪，平常请安就不用跪。
还有缠脚，也通过礼部来反对。当然礼部只是通过礼的方式来反对，告诉大家缠脚让女子身体损伤，父亲让女儿缠脚，是不义；兄长让姊妹缠脚，是不恭；儿子让母亲继续裹脚则是不孝等等。这种不义、不恭、不孝之事，不和礼法，所以在礼的方面要废除。翻遍古书，也没见孔子鼓励女子缠脚的字眼，所以断定这些不是华夏古俗，一定是沾染了胡风，所以要废弃掉。
缠脚当然是周琅反对最强烈的一件事，还通过其他部门强力废除，首先官员家庭的女子都不能缠脚，有缠脚的家庭不允许考科举，如果隐匿考中的，后面还要核查，查出之后会重罚。这是通过吏部进行的。还有刑部也管，缠脚是伤害罪，一旦发现会把父亲抓来打板子。
周琅反缠脚比反跪礼、反纳妾更用心，纳妾现在也只是收税了事，收一笔纳妾税。规礼只是通过礼仪规范，违反的也不会惩罚，对官员只是训斥而已；对百姓根本就管不上了。可缠脚几乎成为一项国政，结果骂的人很多，还有人将其跟满清剃发易服的政策做对比。
说回礼部问题。
礼部的细枝末节，还有诸如按照传统礼制制作大印，设有铸印局，这些周琅都可以保留原貌。
可是外交跟科举，周琅必须进行改革。
而这两项遭遇的反对甚至闹到王辅茞带着六部所有文官伏阙（跪在皇宫门前）抗议的地步，并且表示皇帝如果不肯纳谏，他们就要集体挂印。
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